ষাট গম্বুজ মসজিদের ৪ কোণে ৪টি মিনার আছে। মিনার গুলির চূঁড়ায় গোলাকার গম্বুজ রয়েছে। মিনারগুলি ছাদের চেয়ে উচু। সামনের দুটি মিনারে প্যাঁচানো সিঁড়ি আছে এবং এখান থেকে আজান দেবার ব্যবস্থা ছিল। এদের একটির নাম রওশন কোঠা, অপরটির নাম আন্ধার কোঠা।
ষাট গম্বুজ মসজিদের ভেতরে পশ্চিম দেয়ালে ১০টি মিহরাব আছে। মাঝের মিহরাবটি আকারে বড় এবং কারুকাজময়। এই মিহরাবের দক্ষিণে ৫টি ও উত্তরে ৪টি মিহরাব আছে। মসজিদের মাঝের মিহরাবের ঠিক পরের জায়গাটিতে উত্তর পাশে যেখানে ১টি মিহরাব থাকার কথা সেখানে আছে ১টি ছোট দরজা। কারো কারো মতে, হযরত খানজাহান আলি এই মসজিদটিকে নামাজের কাজ ছাড়াও তাঁর দরবার ঘর হিসেবে ব্যবহার করতেন, আর এই দরজাটি ছিল দরবার ঘরের প্রবেশ পথ। হযরত খানজাহান আলি (র.) ১৪৫৯ইং সালের ২৫শে অক্টোবর তারিখে ষাট গম্বুজ মসজিদে এশার নামাজ রত অবস্থায় ৯০ বছর বয়সে মৃত্যুবরণ করেন।