২০০১ সালের এপ্রিল মাসের তৃতীয় সপ্তাহে বাংলাদেশ রাইফেলস (বর্তমান বিজিবি) ও ভারতের বর্ডার সিকিউরিটি ফোর্স (বিএসএফ) মধ্যে সংঘর্ষ ঘটে। যা দুই দেশের মধ্যকার দুর্বলভাবে চিহ্নিত আন্তর্জাতিক সীমান্তে সংগঠিত হয়েছিল। ২০০১ সালের ১৫ এবং ১৬ এপ্রিল সিলেট সীমান্তে পদুয়ায় এবং ১৯ এপ্রিল পুনরায় পদুয়া সীমান্তে ভারতীয় বিএসএফের সাথে বিডিআরের সশস্ত্র সংঘর্ষ হয়। এই তিনটি যুদ্ধেই বাংলাদেশের সে সময়ের বিডিআরের জোয়ানরা বিজয় অর্জন করে। ১৯৭১ সালের পর থেকে বাংলাদেশের অধ্যুষিত এলাকা পাদুয়ায় বিএসএফ নানা অবৈধ কর্মকাণ্ড চালিয়েছে বলে বাংলাদেশ অভিযোগ করে আসছিলো। সর্বশেষে বিএসএফ সেখানে অবৈধভাবে রাস্তা নির্মাণের কাজ শুরু করে। কিন্তু আন্তর্জাতিক আইন এবং ভারত-বাংলা সীমান্ত চুক্তি অনুযায়ী সেখানে রাস্তা বানানো আইন পরিপন্থি কাজ। বাংলাদেশ বারবার নিষেধ করা সত্ত্বেও তারা রাস্তা বানানোর কাজ চালাতে থাকে। এমতাবস্থায় তৎকালীন বিডিআর (বর্তমান বিজিবি) পাদুয়া দখল করে নেয়। এই ঘটনার ২ দিন পর পাদুয়া থেকে ৮০০ কি.মি. দূরে বাংলাদেশের সীমান্তে ঢুকে বিডিআরের বারইবাড়ি ঘাঁটিতে ভারি অস্ত্রসহ হামলা চালায় বিএসএফ। কিছুক্ষণ পর বিডিআর পাল্টা আক্রমণ শুরু করলে যুদ্ধ শুরু হয়। প্রায় ২ দিন ব্যাপী এই যুদ্ধে দুই বাংলাদেশি বিডিআর সদস্য নিহত হন এবং এর বিপরীতে ১৬ জন বিএসএফ সদস্য নিহত হন বলে ঢাকা থেকে জানানো হয়। পরবর্তীতে দিল্লি এবং ঢাকার মধ্যস্থতায় বিষয়টি মীমাংসিত হয় এবং যুদ্ধ সমাপ্তি লাভ করে।