১৯৯৬ : এই বছর সেরা চলচ্চিত্র সহ মোট ১৩ টি শাখায় পুরস্কার প্রদান করা হয়
১. সেরা চলচ্চিত্র- পোকা মাকড়ের ঘর বসতি
২. সেরা পরিচালক- মো. আখতারুজ্জামান (পোকা মাকড়ের ঘর বসতি)
৩. সেরা কাহিনীকার- সেলিনা হোসেন (পোকামাকড়ের ঘর বসতি)
৪. সেরা সংলাপ রচয়িতা- দিলীপ বিশ্বাস (অজান্তে)
৫. সেরা সংগীত পরিচালক- সত্য সাহা (অজান্তে)
৬. সেরা অভিনেতা- সোহেল রানা (অজান্তে)
৭. সেরা অভিনেত্রী- শাবনাজ (নির্মম)
৮. সেরা সহ অভিনেতা- বুলবুল আহমেদ (দীপু নাম্বার টু)
৯. সেরা শিশু শিল্পী- অরুণ সাহা (দীপু নাম্বার টু)
১০. সেরা গীতিকার- গাজী মাজহারুল আনোয়ার (অজান্তে)
১১. সেরা গায়ক- এন্ড্রু কিশোর (কবুল)
১২. সেরা চিত্রগ্রাহক- মাহফুজুর রহমান খান (পোকামাকড়ের ঘর বসতি)
১৩. সেরা সম্পাদক- আমিনুল ইসলাম মিন্টু (অজান্তে)
কথাসাহিত্যিক সেলিনা হোসেনের উপন্যাস অবলম্বনে সরকারি অনুদানে নির্মিত 'পোকামাকড়ের ঘর বসতি' সেরা চলচ্চিত্রসহ ৪টি শাখায় পুরস্কার অর্জন করেন, এই সিনেমাটি প্রযোজনা করেন চিত্রনায়িকা ববিতা। স্বনামধন্য পরিচালক দিলীপ বিশ্বাসের 'অজান্তে' সর্বোচ্চ ৫টি পুরস্কার অর্জন করে। 'চাঁদনী'-খ্যাত শাবনাজ প্রথমবারের মতো জাতীয় চলচ্চিত্র পুরস্কার অর্জন করেন, এটিই তার শেষ পুরস্কার। জনপ্রিয় ও প্রশংসিত চলচ্চিত্র 'দীপু নাম্বার টু' মাত্র দুটি শাখায় পুরস্কার পাওয়ায় দর্শকরা হতাশ হন। তবে সবচেয়ে বিতর্ক হয় অমর নায়ক সালমান শাহকে কেন্দ্র করে। 'সত্যের মৃত্যু নেই' চলচ্চিত্রের জন্য জাতীয় পুরস্কারে মনোনয়ন পাওয়ায় অনেকেই ভেবেছেন তিনি সেরা অভিনেতার পুরস্কার পাচ্ছেন, কিন্তু জুরি বোর্ড হতাশ করে। এমনকি মরণোত্তর বিশেষ সম্মাননাও জানানো হয়নি।
১৯৯৭ : এই বছর মোট ১৫টি শাখায় পুরস্কার প্রদান করা হয়
১. সেরা স্বল্পদৈর্ঘ্য চলচ্চিত্র- জীবন ও অভিনয়
২. সেরা চলচ্চিত্র- দুখাই
৩. সেরা পরিচালক- চাষী নজরুল ইসলাম (হাঙর নদী গ্রেনেড)
৪. সেরা কাহিনীকার- সেলিনা হোসেন (হাঙর নদী গ্রেনেড)
৫. সেরা সংগীত পরিচালক- খান আতাউর রহমান (এখনো অনেক রাত)
৬. সেরা অভিনেতা- রাইসুল ইসলাম আসাদ (দুখাই)
৭. সেরা অভিনেত্রী- সুচরিতা (হাঙর নদী গ্রেনেড)
৮. সেরা সহ অভিনেতা- আবুল খায়ের (দুখাই)
৯. সেরা সহ অভিনেত্রী- রোকেয়া প্রাচী (দুখাই)
১০. সেরা শিশু শিল্পী- নিশি (দুখাই)
১১. সেরা সুরকার – খান আতাউর রহমান (এখনো অনেক রাত)
১২. সেরা গায়ক- কিরন চন্দ্র রায় (দুখাই)
১৩. সেরা চিত্রগ্রাহক- এম এ মবিন (দুখাই)
১৪. সেরা শিল্প নির্দেশক- মহিউদ্দিন ফারুক (দুখাই)
১৫. সেরা রূপসজ্জাকর- মোয়াজ্জেম হোসেন (দুখাই)
মোরশেদুল ইসলামের 'দুখাই' সর্বোচ্চ ৯টি শাখায় পুরস্কার অর্জন করে।প্রখ্যাত সংগীতজ্ঞ খান আতাউর রহমান ও অভিনেতা আবুল খায়ের, পরিচালক চাষী নজরুল ইসলাম তাদের কীর্তিময় জীবনের জন্য শেষ জাতীয় পুরস্কার অর্জন করেন। সেলিনা হোসেন দ্বিতীয়বারের মত পুরস্কার অর্জন করেন। 'ড্রিম গার্ল' সুচরিতা অভিনয় জীবনের দুই যুগ পর প্রথম জাতীয় পুরস্কার অর্জন করেন, রোকেয়া প্রাচী তার প্রথম সিনেমাই জাতীয় পুরস্কার অর্জন করে।
১৯৯৮ : এই বছর মাত্র দুটি শাখায় পুরস্কার প্রদান করা হয়
১. সেরা অভিনেতা- ফেরদৌস (হঠাৎ বৃষ্টি)
২. সেরা চিত্রগ্রাহক- আখতার হোসেন (হঠাৎ বৃষ্টি)
দুই বাংলার যৌথ প্রযোজনায় জনপ্রিয় ও প্রশংসিত চলচ্চিত্র 'হঠাৎ বৃষ্টি'ই শুধু পুরস্কার অর্জন করে। জনপ্রিয় নায়ক ফেরদৌস প্রথম ছবিতেই জাতীয় পুরস্কার অর্জন করে। এই বছর মুক্তিপ্রাপ্ত অন্যান্য ছবিগুলোকে জুরি বোর্ড পুরস্কারের যোগ্য মনে করে নি।
